很多人讨论SEO的优势时会提及，SEO是免费的。其实SEO并不免费，也是要付出成本的，这里所说的成本不是指使用其他公司来优化网站的服务费用。就算你的网站不用任何外部服务，也不买任何软件，完全自己动手优化，也还是要付出成本的。有时这个成本还很高。
1、人力成本
最显而易见的是人力成本。网站本身一般来说只要规模优化一次，以后再小幅度更改即可，这部份的人力成本其实可以算入技术部门。但是外部链接建设、网站流量的跟踪、SEO策略更正、发现热点建设专题内容、遇到问题时剖析找寻缘由等这种工作，都不是一次性的，需要长期进行，这就必然须要有专门的SEO人员。对一些大网站来说seo扣费系统，可能还须要一个SEO团队，工资等人力成本常常比外部服务费还要高好多。
2、机会成本
另一个不容易直接看见的是时间成本及机会成本。通过SEO做流量是须要一段时间的，尤其是新网站。不要指望几个月内有挺好的流量，对SEO的预期疗效起码要置于半年到一年以后。但网站上机会稍纵即逝，某些当红类型的网站要想迅速攻占市场，靠SEO推广是不现实的。等过了半年一年，早就过了这个镇没有这个店了。想象一下推广例如凡客诚品、开心网这类的网站，SEO根本就不是一个选项。等你通过SEO作出一定流量，竞争对手早就攻占市场和用户的脑子了。
所以SEO只适用于这些耗得起时间的网站，半年到一年以后，市场不至于出现惊人的变化。
3、失败与风险
最终是否有疗效也是SEO的一个风险。搜索引擎不是我们开的，谁也难以百分之百确保做了SEO，就一定能有排行和流量。再厉害的SEO也不能百分百肯定。相信一些网站有这样的经验，花了时间、人力、精力、服务费seo扣费系统，却没有哪些疗效。
这与PPC是不同的。PPC只要花钱做了就一定有流量，SEO做了却没有疗效是时常发生的，在这些情况下，使用PPC、网络广告、事件营销、口碑传播等要比SEO实惠得多。
4、SEO成功的风险
就算通过SEO得到了挺好的流量，也可能造成过度借助搜索引擎流量的风险。我看过一些网站，搜索流量占到总流量的80%-90%甚至更高。这一方面说明SEO做的不错，另一方面也意味着很大的潜在恐吓。一旦搜索引擎改变算法，哪怕并不是针对你的网站有任何惩罚，也可能导致流量大幅增长甚至消失。如果没有点击流量和直觉访问流量作为平衡，很可能对网站是一个致命性的严打。SEO做得好的公司和站长，还必须耗费更多精力去拓流量来源，千万不可过度依赖搜索流量。
